Promu sous-lieutenant (1791), puis lieutenant (1793), Savary devint aide de camp dans l'armée de Rhin-et-Moselle.

Capitaine en 1795, chef de bataillon deux ans plus tard, il passa à l'armée d'Egypte et devint aide de camp de Desaix.

 

Il prit part à la bataille de Marengo puis devint aide de camp de Bonaparte, avant d'être nommé colonel de la gendarmerie d'élite.

Entre 1800 et 1803, menant plusieurs enquêtes avec succès, il arrêta plusieurs conspirateurs ce qui lui valut le grade de général de brigade le 29 août 1803.

En mars de cette même année, Savary fit arrêter le duc d'Enghien en territoire badois.  Menant dans l'ombre le tribunal, Savary parvint à obtenir rapidement l'exécution d'Enghien.

 

Promu général de division en 1805, il poursuivit ses activités d'espionnage.

En 1807, on le retrouva à Friedland où il chargea à la tête d'une partie de la Garde.

En 1808, Savary fut envoyé en Espagne et parvint à convaincre le souverain local de se ranger aux vues de l'Empereur.

 

En 1810, il succéda à Fouché comme ministre de la Police.

Il réforma alors la police et accentua le contrôle policier sur la France.

Après les Cent-Jours, il fut emprisonné à Malte de septembre 1815 à avril 1816.

Après quelques temps d'errance, il rentra en France en 1819 et passa devant un tribunal militaire qui l'acquitta.

S'installant finalement à Rome, il publia ses mémoires en 1828 avant de rentrer en France en 1830.

Louis-Philippe le nomma commandant du corps d'occupation en Afrique mais Savary commit bon nombre de maladresses politiques. 

 

Malade, il rentra en France en mars 1833.  Il mourut à Paris le 2 juin de la même année.