La révolution est balayée. Le Directoire a fait faillite. Le parti révisionniste veut l'établissement d'un système où la confiance viendrait d'en bas et ,l'autorité viendrait d'en haut. Cela ne semble possible que par un coup d'état militaire. Seyes élu en mai, directeur, cherche un général. Bonaparte lui en fournit un. Le complot est en place avec Ducos un autre directeur et les ministres Fouché, Cambaceres et la plupart des généraux présents à Paris Talleyrand et Lucien Bonaparte prétextent une menace anarchiste. Les assemblées sont transférées à Saint-Cloud et la première partie du plan est exécutée. L'exécution de la deuxième sera plus difficile. Après quelques péripéties, Bonaparte intervient avec l'armée comme arbitre de la situation. Le coup d'état a réussi, les députés arbitres de la situation. Les députés ralliés aux conjurés votent la suppression du Directoire et nomment Bonaparte, Seyes, Ducos, consuls provisoires. La voie du despotisme militaire est ouverte et le général LOISON suivra le guide. Le 10 février il sera employé à l'armée d'Italie.

La France pendant dix années consécutives s'est trouvée en guerre avec les puissances de l'Europe. La politique annexionniste et la création des républiques en Italie a provoqué la deuxième coalition. Le coup d'état étant l'oeuvre de Bonaparte, celui-ci ne veut pas se laisser écarter des affaires. Il prend conscience de la tâche immense qui l'attend. La situation de l'armée est désastreuse tant il y a de prévaricateurs et de déserteurs. La paix intérieure n'étant pas acquise, il tente une suppression des hostilités avec les coalisés mais, cette tentative échoue. Le premier Consul s'installe, à nouveau, comme chef de guerre et commence la nouvelle campagne d'Italie. Entre la chaîne des alpes et la vallée du Po et entre le lac de Garde et le Tessin se situe la Lombardie. Quarante mille hommes, six mille chevaux et 40 canons voilà, l'armée d'Italie. Le chemin est dangereux et jalonné d'embûches mais se poursuit normalement jusqu'au fort de Bard, obstacle presque insurmontable. Le Général LOISON, sous les ordres du Général Duhesme depuis le 9 mai s'empare de la ville de Bard en premier lieu., le 22 mai car il avait du contourner le fort trop bien défendu. Ensuite il servit à la dure attaque de ce dernier le 24-26 mai. Il franchit le Tessin le 2 juin, enleva les postes de Sangiuliano et de Melegnano le . Entra à Lodi, le 4 juin et occupa Crema et Orzinovi le . Brescia le 6, ensuite Plaisance. Bonaparte, le verse, curieusement, au commandement de l'armée de réserve. Loison avait accumulé peut-être trop de victoires. Bonaparte allait se parer d'une de ses plus belles victoires le 14 juin, "MARENGO". Sans illusion les généraux savaient que quelque fut leur bravoure, toute la campagne serait centrée sur les "mérites" du Premier Consul. Masséna, Duhesme, Victor et Loison poursuivaient les Autrichiens dans le Tessin et le Milanais, barrant la route de Vienne, ce qui justifiait le désenchantement des chefs de Bonaparte était le soin qu'il prenait à entretenir sa popularité par tous les bulletins de victoires qu'il s'octroyait, frustrant ainsi tous ses acteurs et Loison, en particulier. Si Mélas, le Général Autrichien avait voulu poursuivre la bataille, il aurait écrasé les français mais, Desaix à la tête de ses troupes se rua sur les autrichiens et leur victoire se transforma en défaite. Le pauvre Desaix laissa sa vie sur le champ de bataille. les généraux avaient encore beaucoup de combats à livrer et de victoires à inscrire à leurs drapeaux. Bonaparte, lui, avait sa plus belle victoire et pouvait reprendre la visite des monuments, des églises et assister à des concerts. N'allait-il pas rencontrer la belle "Grassini", célèbre cantatrice. Le temps passé et Loison est reversé, le 5 juillet, à la division de l'aile gauche de l'armée d'Italie sous Moncey. Au début de juillet, Bonaparte revint à Paris qui lui consacra un retour triomphal. LOISON, restait en Italie, aussi ignoré qu'un soldat. Bonaparte depuis toujours, s'est méfié de tout le monde et encore plus de ses Généraux. On ne s'en étonnera pas, dès lors, qu'il emploie cette tactique de les disperser et de les changer très souvent d'affectation, décourageant de cette manière les complots et les intrigues et empêchant ainsi de grands liens d'amitié de se lier. Trop doué d'intelligence et trop habile à ses yeux, Loison sera souvent muté et tenu à l'écart des grandes victoires. Ses qualités louables seront reconnues par ses chefs mais, " en sourdine " Loison, avec la fougue de sa jeunesse et de son avancement rapide au début de la révolution s'était sans doute cru appelé à de grandes destinées et était certainement déçu de se voir spolié de ses nombreux succès. De là sans doute, son indépendance naissante vis-à-vis de Bonaparte dont le comportement n'était pas du goût de ses vues purement militaires. Les deux hommes, comme beaucoup d'autres, aimaient le faste, le luxe, les femmes et l'autorité mais la fronde n'étant pas le fort de Loison mieux valait, pour lui, d'assurer ses arrières. Le temps ne tarderait pas où il prendrait le moins de risques possible. Bonaparte avait sans doute éveillé sa méfiance et ses services de renseignements auront plus de mal à trouver le général en défaut de tous ordres. "Marengo", la grande victoire de Bonaparte fut et restera très "mitigée". En minimisant et freinant à l'excès les succès et les initiatives de ses généraux, il s'attirera beaucoup moins de respect que d'obligations. Le premier Consul profita des approvisionnements considérables dont Loison se rendit maître dans ses conquêtes et particulièrement à Brescia où le général s'en réserva, sans doute, une part. Certes, Bonaparte lui marqua des témoignages de satisfaction mais sans jamais mettre en exergue ses qualités militaires exceptionnelles. En gavant son général de récompenses matérielles, il ménagea peut-être d'autres ambitions. La guerre se poursuivait néanmoins pendant que, Bonaparte reprenait la situation du pays en mains, s'apercevant de la complexité de sa tâche. Après avoir rétablit la paix en Vendée, Brune avait été désigné comme chef de l'armée d'Italie. Après le 13 vendémiaire, Bonaparte, l'avait déjà préféré à Loison. Pourquoi ? Une impossibilité de s'accorder, une incompatibilité d'humeur. Tout simplement, un ensemble de rivalités ? Nul ne sait et personne n'en parle. Sa carrière n'était pas encore terminée pour autant, le passage de l'Adige effectué par sa division, les combats sous Moncey, puis Suchet. Cerzola, Pozzolo, Parona, Colognole furent les témoins de sa gloire. Les services qu'il continua de rendre, principalement, au passage de la Brenta, où, il ouvrit à l'armée, le chemin de nouvelles victoires, confirmèrent la réputation militaire de Loison. A l'issue de ces brillantes campagnes, Bonaparte détenait tous les atouts pour conclure un traité de paix. Mais, cette fois, il n'avait été pour rien dans les succès militaires dont il bénéficiait. Laissons lui le mérite d'avoir à l'intérieur, tenu le gouvernement. Contre l'Angleterre, il avait fait accord avec les Etats-Unis qui étaient sur le point de déclarer la guerre aux anglais, à cause du droit de visite que ceux-ci prétendaient imposer aux navires neutres. Il s'était rapproché de la Prusse et de la Russie dont le Tsar, Paul 1er, avait l'Angleterre en horreur. Dans cette évolution diplomatique, esquissée au hasard des circonstances, toute sincérité était absente du côté de la Prusse et, dans l'ensemble, ne se dégageait ni certitude, ni sécurité. " Votre Souverain et moi, sommes appelés à changer la face du monde ", dira-t-il à l'Ambassadeur de Paul 1er. L'Histoire dira ce que la France en aura retiré !