La rapidité de son avancement au grade de Général avait été le prix de vrais talents militaires et d'une valeur brillante qui allait quelquefois jusqu'à la témérité. On a prétendu, néanmoins, qu'il n'avait ni désintéressement, ni humanité, ni élévation dans le caractère. Ses frères d'armes allèrent même jusqu'à avouer qu'il n'était pas uniquement avide de renommée. Nous serions tenté de croire que ce jugement n'est rien moins que sévère en nous rappelant l'accusation qui pesa sur lui lors du pillage de l'abbaye d'Orval. Il a pu persuader le commissaire de la Convention de son innocence. Après la présidence du conseil de guerre, le Directoire lui donne un commandement dans les environs de Paris. Le 23 novembre 1795, exactement neuf mois après son mariage, sa femme accoucha d'une petite fille qui resterait unique et se prénommerait Françoise-Marie-Louise. Peu de temps après le général Loison reçut l'ordre de servir l'armée d'Italie mais il ne s'y rendit pas. Son instinct paternel l'emportant, peut-être, sur sa vocation de combattant. Un bon repos, au sein de sa famille lui fit le plus grand bien.

La plupart des grandes batailles ont souvent été gagnées à cause des erreurs stratégiques de l'adversaire. Il y va de même dans la conversation. Les erreurs de jugement dans l'échange des propos entre interlocuteurs font que la ruse l'emporte, le plus souvent, sur la sincérité. Le bluff, prend le dessus sur l'échelle des valeurs. Les sanctions du haut commandement suite aux indisciplines commises par Loison ont souvent été levées grâce aux dons de dissimulation du Général. Ses dons en paralysèrent plus d'une fois, la marche de la justice et ses "bavures" passèrent souvent au bénéfice du doute. Sur ce refus de rejoindre son unité, il fut seulement, mis au traitement de réforme. LOISON tire son épingle du jeu tandis que Bonaparte ne compte déjà plus ses victoires en Italie. Pichegru, quant à lui, envisage de renverser le Directoire. Ce sera un échec. Loison en congé forcé a le temps de faire l'inventaire de tout ce qu'il a emmagasiné et pour ce qui le concerne cela ne fait que commencer le début de l'immense fortune qu'il prépare à se bâtir; il est vrai qu'il a les dents longues.

Le 4 septembre 1797 (18 fructidor) après les élections favorables aux royalistes, Hoche est malheureux que le coup d'état fut confié à Augereau. Heureusement pour le Directoire Hoche ne mettra pas sa menace de traduire ses membres devant les tribunaux. Il mourra, peu de temps après. Bonaparte, loin de Paris, menace le Directoire de changer de politique où il viendra lui-même mettre de l'ordre avec son armée d'Italie et viendra par ce fait, dit-il, conquérir les ignorants. Il préférera d'ailleurs toujours la compagnie des intellectuels à celle des militaires dont lui aussi se méfie.

Le général Loison qui fut, en dernier lieu à la 17e division sera bientôt, remis en activité, le 16 janvier 1798. Entre l'Europe occidentale et l'Europe centrale, la Suisse, état continental enclavé, multiplie ses contrastes géographiques. Pays, essentiellement montagnard, jurassien et alpin, le climat de moyenne montagne est beaucoup plus rude que ne le voudrait l'altitude. Avec ses étés frais, des hivers enneigés, les villages aux maisons massives bien défendues contre le froid, vivent de l'élevage et de l'exploitation du bois. Les villes principales Zurich, Genève, Bâle et Lausanne, les langues: allemand, français, italien et romanche. Avec les vallées grisonnes, le canton du Tessin, constitue le versant méridional des alpes suisses. Accidentées de gradins, barrées de verrous propices aux embuscades. La vie pastorale et l'agriculture sont importantes en cette fin du XVIIIe siècle. L'écho de la révolution française puis, en 1796, la conquête de la Lombardie par Bonaparte surexcitèrent les patriotes qui renversèrent en 1789, le régime des Baillis. Des échos profonds furent entendus dans toute la Suisse. Dès janvier 1799, le général Loison, a été remis en activité à l'armée d'Helvétie commandée par Masséna. Le Directoire est décidé a mener une politique d'expansion territoriale. La France désire contrôler surtout les cols et surtout retirer de la Suisse de fortes contributions en argent. Le prétexte de l'intervention est trouvé par l'action des émigrés de Paris ou par les soi-disant appels à la délivrance du joug aristocratique des Jacobins du coin dont le Bâlois Och. En janvier, 1798, les villes Vaudoises se soulèvent et proclament la République Alémanique, aussitôt occupée par les français et justifiant de nouveaux empiêtrements de ceux-ci. La révolution libérale gagne tous les pays sujets. Les cantons centraux résistent opiniâtrement. Les défaites successives entraînent la capitulation d'Uri et Unterwald. Les français brisent durement les sursauts du Midwald. La Suisse est réorganisée comme les autres républiques sur le modèle français.

En ces circonstances le général Loison vit s'ouvrir devant lui une plus vaste carrière, il fit, sous le général Masséna, la campagne d'Helvétie et il lia ses succès à son nom. Sa brigade faisait partie de la division Lecourbe, se distingua à l'affaire du 10 prairial où elle chassa les autrichiens de Madarenerthal et à celle du 14 où l'ennemi, attaqué à Wasen, fut repoussé jusqu'au delà de Gueshen, avec perte de huit cents tués ou blessés et de quinze cents prisonniers. Le général Loison chargea plusieurs fois à la tête de ses troupes et fut atteint d'une balle dans ce dernier combat. Dans cette campagne difficile, la valeur du soldat ne fut pas toujours la vertu la plus nécessaire, exténué de fatigue et de besoins, entouré d'ennemis, obligé de bivouaquer au milieu des neiges et des précipices, la faim, l'horrible faim, exigeait de lui un autre genre de courage et l'on ne saurait trop louer cet héroïsme qu'il montra dans ces circonstances difficiles. Le corps du général LOISON se rendit surtout célèbre au milieu des rochers de la Suisse. Ce fut lui qui soutint, dans les crevasses du Saint Gothard, plusieurs combats qui méritaient un plus vaste théâtre. Deux corps de troupes également exténués par la faim se battaient au fond des cavernes. La petite rivière Reuss qui coule en grondant au pied de ses rochers recevait les cadavres autrichiens que les français vainqueurs précipitaient de leur sommet. Jusque là, le général Loison n'avait jamais été battu, on le vit soutenir cette réputation dans les affaires qui suivirent et, particulièrement, dans celles des 11 et 12 thermidor et des 27, 28 et 29 du même mois.

L'occupation française aboutit à une réorganisation autoritaire de la République Helvétique unitaire sous l'hégémonie du Directoire. Plus tard, Bonaparte, dès 1803, par l'acte de médiation, rétablira une Confédération de 19 cantons mais, en cette année 1799, il est en Égypte. En octobre il rentrera en France où les modérés lui confieront le soin de se débarrasser du DIRECTOIRE.