La Convention aurait du se séparer et laisser la place aux nouveaux députés mais, inquiète de la poussée royaliste, les membres du conseil décident que les anciens du conseil des cinq cents seraient choisis parmi; les conventionnels. Ce décret ruine les espoirs des royalistes auxquels on s'accordait de grandes chances aux prochaines élections. A la faveur d'une certaine indignation de l'opinion qui interprète la manoeuvre des conventionnels de se maintenir au pouvoir. C'est la journée du 13 Vendémiaire.

Vingt mille hommes des sections du centre tentent l'insurrection. Pour se défendre la convention, Barras en tête, organise la résistance et prend le général d'artillerie, en disponibilité, BONAPARTE, aidé par le général LOISON. Murat, fait saisir les canons et mitraille devant Saint Roch, les forces commandées par Danican. A l'issue de l'écrasement de l'insurrection, le commandement en chef de l'armée est confiée à Bonaparte. On l'appellera, longtemps, le général Vendémiaire. Le général Loison faisait, lors des troubles de vendémiaire partie de l'armée de l'intérieur et concourut à prévenir les nouveaux malheurs auxquels la République été en proie par l'effet d'une funeste réaction. En reconnaissance, Bonaparte, le chargea de présider, le conseil de guerre, chargé de juger les chefs de l'insurrection. Cette circonstance mit Loison en évidence et, surtout elle le fit connaître de Bonaparte qui, au contraire de Brune ne l'emmena cependant pas alors avec lui en Italie. Le Directoire lui donna un commandement dans les environs de Paris.

Après la dislocation de la coalition, le moment paraît revenir à un régime normal. Le général Loison se remémorant peut-être ses erreurs lors du pillage d'Orval, sa mission fut délicate et l'on dit qu'il ne s'y montra pas trop sévère. Ce qu'il y a de sûr, c'est qu'à l'exception du malheureux Laffond de Soulé, le conseil ne condamna que des contumaces. Le discours prononcé par le général Loison à l'ouverture de la seconde séance du conseil de guerre établi par la loi du 15 vendémiaire(1795) à la ci-devant Église Saint Roch, laissa à penser qu'il était, psychologiquement, bien placé pour comprendre les accusés.

..."l'intégrité, l'honneur, l'humanité, seront nos guides, combattants, nous dûmes être terribles, victorieux, nous serons cléments et justes. L'honneur du crime, l'indulgence, la pitié pour le faible égaré, sont les sentiments qui ne cesseront de nous animer tous."

Un tel discours, en cette année 1795, c'est-à-dire à peine un an après la grande terreur qui provoqua l'élimination des girondins et de tant de français et, le passage devant le tribunal révolutionnaire de nombreux citoyens dont beaucoup furent exécutés par la guillotine, n'a pas fait de nous étonner. Nous sommes loin du régime d'exception qu'instaura Robespierre et ses amis politiques. Le ton démagogique et moralisateur qu'employa Loison, laisse entrevoir un régime plus souple. Nous constaterons, avec bonheur, que le conseil de guerre fut beaucoup plus clément que les tribunaux précédents.